Vegetasi memiliki peran penting dalam pembentukan Kota Kerajaan. Peran tersebut ditunjukkan melalui penanaman vegetasi khusus dalam mendukung filosofi Sangkan Paraning Dumadi. Pohon asam jawa (Tamarindus indica), pohon tanjung (Mimusops elengi), pohon pakel (Mangifera oetida), pohon kweni (Mangifera odorata), dan beberapa pohon lain memberi sumbangsih sebagai perlambang dari proses kehidupan.